1959年5月，福州市档案管理处成立，随后便开始酝酿筹建福州市档案馆。1963年7月，福州市编委会下达福州市档案馆事业编制3名，与市档案管理处合署办公。1965年，市档案馆人员陆续配齐，开始筹备档案馆的一些基础工作，如：收集史料、购置书籍、档案箱等，但由于馆库问题未得到解决，无法接收、管理同级机关档案。这时期，因战备工作需要，部分市直机关档案疏散到远郊北峰山区，建立了中心、文教、财贸、政法、工交5所库房，由各系统自行组织人员轮流看管，业务由市档案局负责指导、检查。

1965年8月，为充分发挥档案馆职能，使之成为福州市保存、利用、研究档案史料的中心，进一步确保档案的完整与安全，福州市档案局报请中共福州市委，要求正式批文成立福州市档案馆机构。直至1966年5月文化大革命开始，仍无成立市档案馆的正式批文。1968年11月，北峰中心、文教、财贸、工交库房迁往新店树木园附近（八一水库）原中共福建省委办公厅档案科战备库房，代号为“八一九”库房，档案仍由各系统自行保管。同年12月，福州市革委会政治处组织组设立档案小组，作为福州市革委会档案业务工作班子，负责北峰各后方档案库房业务指导工作。1978年3月，福州市档案馆恢复成立。其主要任务是：负责收集、保管市级党政群机关需要长期和永久保存的档案，以及1949年8月以前的历史档案和有关资料，并进行科学整理，提供利用，为市直机关、社会各界以及广大人民群众服务。

    1978年6月，福州市档案局恢复成立。市档案局和市档案馆合署办公，由中共福州市委直接领导。编制15名，其中行政编制10名、事业编制5名。福州市档案局（馆）内设：业务指导科、档案管理科。业务指导科负责市直机关团体、企事业单位和闽侯县档案业务指导工作。档案管理科负责馆藏档案的整理、保管、提供利用和北郊库房值班保卫工作。福州市档案馆馆址仍设在北郊“八一九”库房旧址，

    1983年7月，福州市直机关机构改革。市档案局和档案馆仍合署办公，由一个副局长分管档案馆工作。局馆编制增至18名，其中行政编制13名，事业编制5名。1984年4月，局馆内部机构调整为一室三科：办公室、业务指导科、档案管理一科、档案管理二科。档案管理一、二科负责档案馆业务工作：管理一科负责1949年8月以后市直机关各单位移交进馆的档案及参考资料的收集、整理、保管、提供利用工作；管理二科负责1949年8月前形成的档案及史料的编研、征集、整理、保管、提供利用工作。

    福州市档案馆大楼于1979年12月始建，1983年3月竣工,座落在福州市乌山路92号市委大院内，总建筑面积2916平方米，大楼共七层。1983年8月，市档案馆由北郊库房正式搬入。新库房按国家标准设计建筑，办公用房和档案库房相配套，设有局馆办公室阅览室、会计室、卡片室、整理室、微机室、洗相室、裱褙室、消毒室等。档案库房设于第四、五、六层，利用环形走廊、回风管道和去湿机、空调机等调控设备控制温湿度，并设有防盗报警和防火设备，基本达到“八防”要求，结束了档案库房与接待工作长期分离的状况，大大方便档案的开发利用工作。

    1986年5月和1987年2月，福州市档案馆先后两次增加事业编制14名。1989年4月，福州市档案馆配备馆长1名（副处级）。1991年11月增设副馆长1名。1996年市委、市政府“三定方案”，福州市档案局、福州市档案馆合并，实行一个机构、两个牌子，规格为正处级单位，为市委、市政府直属机构，属市委序列，由福州市委直接管理；总编制32人，其中行政10人、事业22人；1998年经市委批准，福州市档案局（馆）列入参照公务员管理范围。2004年8月26日，经市政府批准，市编委下文，同意福州市档案局（馆）内设机构增加技术处。2005年8月，福州市编委下发榕委编（2005）59号文，同意福州市档案局（馆）加挂“福州市现行文件利用中心”牌子。2007年11月1日，经福州市委编制委员会同意，福州市档案局增设“企业档案管理处”，事业编制6人，其中正科级职数1人。

    福州市档案新馆于2006年4月份搬迁金山文体中心.新馆除行政办公用房外，设有查阅室、监控室、裱褙室、电脑室、网络中心、演播厅、展览厅等，建筑按国家甲级档案馆标准设计，拥有分层空调系统、恒温恒湿系统、消防自动控制系统、闭路电视监控及防盗报警系统等。另外，档案库房安装了自动控制密集架147列，可容纳100万卷档案。这些档案设备，基本满足了国家综合档案馆现代化管理档案的要求，在全省档案系统中是属于一流水平的。新馆的正式投入使用，解决了长期以来制约福州市档案事业全面发展的重要问题，标志着福州市档案事业的发展进入了一个新阶段。